Qu'est-ce qu'un groupe paraphylétique?
Les groupes paraphylétiques, dans la taxonomie phylogénétique ou cladistique, sont ceux qui incluent un ancêtre commun et non tous ses descendants. On dit que le groupe le plus âgé est paraphylétique par rapport au (x) sous-groupe (s) exclu (s).
Un groupe paraphylétique n'est pas un clade. Ce n'est qu'un complément relatif d'un ou plusieurs sous-clades au sein d'un clade. C'est-à-dire que ce n'est pas un groupe naturel en raison de l'exclusion de tout élément.
L'exemple typique d'un groupe paraphylétique est celui de Reptilia (reptiles). Ce taxon contient le dernier ancêtre commun des reptiles et presque tous les descendants de cet ancêtre.
Il comprend tous les organismes actuels traditionnellement appelés reptiles, ainsi que tous les synapsides éteints. Cependant, il exclut les mammifères et les oiseaux. Les reptiles sont alors paraphylétiques vis-à-vis des oiseaux et des mammifères.
Controverses entre écoles cladistes et écoles évolutives ou traditionnelles
Selon la taxonomie phylogénétique, aucune descendance ne peut être exclue d'un groupe contenant leurs ancêtres, de sorte que ce groupe est considéré comme valide (monophylétique). Si l'exclusion se produit, le résultat serait un groupe non naturel (paraphylétique).
L'école de la taxonomie évolutive exige explicitement que les descendants très différents de leurs ancêtres soient inclus dans des groupes séparés. Cependant, les deux écoles utilisent souvent les mêmes termes, tels que "monophylie", pour désigner des idées différentes.
Critères
La taxonomie évolutive nécessite ensuite la prise en compte de deux critères: la similarité et l'ascendance commune pour la classification. Ces deux critères permettent de regrouper et de classer les taxons selon le système de hiérarchie de Linné. La cladistique, en revanche, n'accepte qu'un seul critère, à savoir l'ascendance commune pour la définition des taxons.
Les règles
La taxonomie évolutive a développé une série de normes, telles que le Code international de nomenclature zoologique. Les cladistas semblent vouloir utiliser ces outils, mais selon leurs propres règles.
Ils accusent les codes d'être à la fois trop légalistes et trop permissifs. Dans le premier cas, cela oblige tous les taxons à s’inscrire dans des catégories hiérarchiques arbitraires. Dans le second cas, car il doit être appliqué à la fois aux groupes monophylétiques et paraphylétiques.
Principales différences
Fondamentalement, la différence entre les classifications cladistiques et évolutives réside dans le fait que la première accepte une seule méthode analytique et un seul critère de classification, alors que la seconde tente d'incorporer plusieurs méthodes et accepte une combinaison ou une utilisation alternative des critères de classification. .
Le premier présente l'avantage d'une cohérence et d'une simplicité strictes. La seconde a l'avantage de mieux refléter la diversité et la complexité des processus évolutifs.
Quelques implications de l'utilisation stricte de la cladistique
Si nous acceptons le fait que seuls les groupes monophylétiques doivent être considérés comme valides et si nous refusons d’exclure des descendants très différents de leurs ancêtres, nous pourrions parvenir à des conclusions inquiétantes.
Par exemple, nous pourrions dire que nous sommes tous des "poissons d'os". En fait, nous sommes des descendants de poissons osseux aux nageoires lobées.
Les groupes de parents, dans certains cas, ont persisté avec leurs descendants. L'application stricte de la monophylie en tant que critère pour l'exécution des ordres taxonomiques dans de tels cas serait ingérable.
Cela diviserait simplement artificiellement les groupes monophylétiques plus anciens, bien définis, en raison de l'augmentation du nombre de descendants. Cela vous obligerait également à créer des groupes de descendants contenant des parties de groupes plus anciens.
C'est-à-dire que les taxons définis selon le critère de la monophylie ne seraient pas nécessairement plus «naturels» que les taxons paraphylétiques.
Le regroupement de taxons parents avec des taxons descendants créera des taxons monophylétiques hétérogènes comportant de nombreux caractères. Ces taxons ne seront pas faciles à diagnostiquer, ce qui réduira la possibilité d'utiliser des outils taxonomiques.
L'exemple le plus remarquable est la dissolution du groupe traditionnel "Reptilia", ainsi que la création du terme "AveDinosaurs" pour les oiseaux.
Une application stricte de la monophylie à des taxons de groupe est alors problématique. Les méthodes de construction des arbres couramment utilisés aboutissent à une abstraction trop forte. De plus, ils permettent une visualisation trop simplifiée des processus évolutifs.
Certains auteurs ont même fait remarquer que si les taxons paraphylétiques étaient rejetés, la classification complète s'effondrerait au niveau de la famille, du sexe et finalement de l'espèce.
Une "solution possible"
Les taxonomistes Mayr et Bock ont proposé, en 2002, un autre concept de classification évolutive "darwinienne". Selon cela, deux critères doivent être pris en compte: la similarité et la descendance commune.
Par conséquent, le regroupement ordonné de groupes d'organismes en classes se fera en fonction de leur similarité avec leur "descendant évolutionnaire inféré". L'incorporation des deux critères évite la création de groupements en utilisant des similitudes dérivées d'une évolution parallèle ou convergente.
Cependant, le problème qui permet la reconnaissance des similitudes d'un groupe parental plus âgé qui coexiste parallèlement au groupe dérivé persiste.
Selon cette proposition, la monophylie ne serait donc pas "le critère" à utiliser dans la définition des groupes taxonomiques, mais constituerait un outil supplémentaire.
Ce critère pourrait être utilisé alternativement ou conjointement avec d’autres critères. Ensuite, son utilisation doit être décidée au cas où.
Quelques exemples de groupes paraphylétiques
Les procaryotes (formes unicellulaires dépourvues de noyau) constituent un groupe paraphylétique. Les eucaryotes (organismes dotés d'un véritable noyau) descendent d'un ancêtre sans noyau.
Le caractère "sans noyau" est alors plésiomorphe (ancestral) et le caractère "de base" est apomorphe (dérivé de l'état ancestral). L'exclusion de tout groupe d'organismes à cellules nucléées du groupe des procaryotes convertit ensuite ce dernier groupe en paraphylétique par rapport au groupe exclu.
Selon des études récentes, les crustacés sont un groupe paraphylétique car ils n'incluent pas les hexapodes (insectes). L'analyse de l'ADN montre que les insectes terrestres (Hexapoda) sont plus proches des crustacés aquatiques que des centipèdes et des mille-pattes (Myriapoda). Les Hexapodos formeraient un groupe frère des Xenocarida (Cephalocarida et Remipedia).
Les différents phylums du royaume des champignons (Fungi) seront paraphylétiques par rapport au groupe polyphylétique des deutéromycètes. Les deutéromycètes ou champignons imparfaits sont des organismes dont la phase de reproduction sexuée est inconnue.
C'est un groupe artificiel, qui contient les espèces qui ne pourraient pas être situées dans les autres groupes de champignons, car leur classification est basée principalement sur des caractères présents uniquement dans la phase sexuelle.
Jusqu'à ce que la localisation taxonomique "naturelle" de toutes les espèces incluses dans ce taxon soit encore élucidée, les taxons restants ne peuvent pas être considérés comme monophylétiques.
